Rancangan asal untuk GNU adalah untuk menjadikan kebanyakan atur caranya serasi dengan UNIX, sewaktu membuat penambahan yang berguna. Inti GNU pada waktu itu bertujuan untuk menjadi inti-mikro pelayan-berbilang, dan reka bentuk intinya merupakan penyimpangan GNU yang terbesar daripada UNIX "tradisional".

Hurd GNU menggunakan inti mikro (Mach pada waktu ini) dan terdiri daripada satu set atur cara, digelarkan "pelayan", yang memberikan kefungsian yang serupa dengan inti UNIX tradisional (atau Linux). GNU (menggunakan Hurd) dapat dicuba dengan penggunaan cakera padat berbut. (Sila lihat: Pautan luar).

Menjelang 1990, sistem GNU mempunyai tambahan untuk penyunting teks (Emacs), pengkompil mengoptimum (GCC), dan kebanyakan pustaka dan utiliti teras untuk edaran Unix yang piawai. Komponen utama yang masih tidak ada lagi ialah intinya. Dalam Manifesto GNU, Stallman menyebut bahawa "inti awal memang sedia ada tetapi banyak lagi ciri diperlukan untuk menandingi Unix." Beliau tengah merujuk kepada TRIX, sebuah inti panggilan tatacara jauh yang serasi dengan Unix Versi 7 dan yang diperkembangkan di dalam MIT. Penulis-penulisnya telah memutuskan untuk mengedarkan inti itu secara bebas.

Pada Disember 1986, kerja bermula untuk mengubah suai inti ini. Bagaimanapun, pembangun-pembangun kemudian memutuskan bahawa ia tidak dapat digunakan sebagai titik permulaan, terutamanya kerana ia cuma dapat dilaksanakan melalui "peti 68000 yang mahal dan tidak diketahui ramai" dan justera itu, harus diportkan ke sistem seni bina yang lain sebelum ia dapat digunakan. Menjelang 1988, penghuluran mesej inti Mach yang dibangunkan di Universiti Carnegie Mellon telah dipertimbangkan sebagai ganti, walaupun penerbitan perisian bebas ditangguhkan sehingga 1990 untuk memberikan masa kepada pembangun-pembangun untuk mengeluarkan kod hak milik AT&T.

Oleh sebab inti mikro Mach telah direka bentuk semata-mata untuk membekalkan kefungsian inti pada aras rendah, Projek GNU harus membangunkan bahagian-bahagian aras tinggi untuk inti itu sebagai koleksi atur cara pengguna. Mula-mulanya, koleksi ini digelarkan "Alix", tetapi pembangun Michael Bushnell kemudian lebih suka akan nama Hurd. Oleh itu, nama Alix dialihkan ke sebuah subsistem dan kemudian dibuang sama sekali. Pembangunan Hurd kemudian dilambatkan atas sebab-sebab teknikal serta konflik personaliti.

GNU/Hurd merujuk kepada edaran OS GNU yang menggunakan Hurd GNU sebagai terasnya. Hurd GNU merupakan satu set atur cara atau perkhidmatan yang dilaksanakan atas inti mikro (GNU kini menggunakan inti mikro Mach GNU, tetapi usaha-usaha untuk memportkan Hurd kepada inti mikro keluarga L4 masih berlangsung).

"GNU" dalam "Hurd GNU" menunjukkan bahawa ia merupakan sebahagian Projek GNU, sedangkan "GNU/Hurd" membezakannya sebagai salah satu daripada dua sistem GNU yang kini sedia ada — iaitu, sistem-sistem GNU berdasarkan Linux (atau "GNU/Linux"), dan sistem-sistem GNU berdasarkan Hurd (atau "GNU/Hurd"). Nama "GNU" sahaja merujuk kepada GNU/Hurd atau sistem GNU berdasarkan Hurd. "GNU/Linux" disebut sebagai "GNU-condong-Linux", atau lebih kerapnya, sebagai "Linux GNU". Bagaimanapun, FSF menegaskan bahawa, mengikut peraturan-peraturan bahasa Inggeris, "Linux GNU" merujuk kepada edaran inti Linux oleh projek GNU atau versi projek GNU; mereka mengatakan bahawa penggunaan nama "GNU/Linux" dapat menjelaskan bahawa seseorang tengah merujuk kepada gabungan inti Linux dengan perduaan GNU untuk membentukkan sebuah OS GNU yang lengkap. Linus Torvalds, penulis asal untuk inti itu, tidak bersetuju dengan istilah "GNU/Linux"; beliau lebih menyukai nama "Linux GNU" jika projek GNU "hendak edaran diri."

Pada tahun 1991, Linus Torvalds menulis inti Linux yang serasi dengan Unix. Walaupun pada asalnya, ia tidak merupakan perisian bebas, Torlvalds menukarkan lesennya kepada GPL GNU pada tahun 1992. Linux diperkembangkan dengan selanjutnya oleh pelbagai pengatur cara dalam Internet. Pada 1992, inti itu digabungkan dengan sistem GNU untuk menghasilkan sebuah sistem pengendalian fungsi penuh yang bebas. Sistem GNU yang amat biasa didapati adalah dalam bentuk ini yang dirujukkan sebagai "sistem GNU/Linux" atau "Edaran Linux". Sejak 2005, Hurd GNU merupakan inti rasmi untuk sistem GNU dan masih diperkembangkan secara perlahan-perlahan. Terdapatnya juga projek yang sedang mengerjakan pemportan sistem GNU kepada inti-inti FreeBSD dan NetBSD.